Koszt całkowity wdrożenia (Total Cost of Ownership, TCO) rozwiązania SaaS obejmuje nie tylko cykliczną opłatę subskrypcyjną, ale również szereg dodatkowych wydatków związanych z uruchomieniem i utrzymaniem systemu w firmie. Do najważniejszych elementów należą koszty integracji z innymi systemami, koszty migracji danych z poprzedniego rozwiązania oraz czas pracy pracowników poświęcony na wdrożenie.
Przy planowaniu budżetu wdrożenia często pomijane są koszty szkoleń pracowników z obsługi nowego narzędzia oraz koszty związane z ewentualną koniecznością dostosowania procesów wewnętrznych firmy do sposobu działania nowego systemu. Warto również uwzględnić koszt wsparcia technicznego, jeśli podstawowy plan subskrypcyjny nie obejmuje pełnego zakresu pomocy — kwestię tę opisano w haśle Wsparcie techniczne w modelu SaaS.