Dane przesyłane między urządzeniem użytkownika a serwerami dostawcy SaaS są zwykle szyfrowane przy użyciu protokołu TLS, co zabezpiecza je przed przechwyceniem podczas transmisji. Dodatkowo część dostawców stosuje szyfrowanie danych również w spoczynku, czyli w momencie ich przechowywania na dyskach serwerowych.
Regularne tworzenie kopii zapasowych danych jest jednym z podstawowych elementów bezpieczeństwa w modelu SaaS. Odpowiedzialność za wykonywanie i przechowywanie kopii zapasowych spoczywa na dostawcy usługi, co odróżnia ten model od rozwiązań instalowanych lokalnie, gdzie za backup odpowiada sama firma.
Platformy SaaS zwykle umożliwiają administratorom konta zarządzanie uprawnieniami poszczególnych użytkowników, ograniczając dostęp do wybranych funkcji lub danych w zależności od roli danej osoby w organizacji. Mechanizmy takie jak uwierzytelnianie dwuskładnikowe dodatkowo zmniejszają ryzyko nieautoryzowanego dostępu do konta.
Poza szyfrowaniem i kontrolą dostępu, dostawcy platform SaaS stosują również segmentację sieci wewnętrznej, monitoring aktywności w systemie oraz regularne testy odporności infrastruktury na próby nieautoryzowanego dostępu. Część dostawców publikuje również certyfikaty zgodności z międzynarodowymi standardami zarządzania bezpieczeństwem informacji, co pozwala klientom ocenić poziom dojrzałości procesów bezpieczeństwa danego dostawcy przed podjęciem decyzji o wdrożeniu. Zagadnienia związane z architekturą przechowywania danych wielu klientów w jednej instancji systemu opisano w haśle Architektura multi-tenant.